Historické korene ZKSM siahajú až do 40. rokov minulého storočia, keď na podnet profesora Kolakoviča vznikali na Slovensku prvé spoločenstvá mladých ľudí. V 80.  rokoch, pod záštitou kardinála Korca a podzemnej Cirkvi, začalo svoje aktívne fungovanie. Po revolúcii, v roku 1990, sa činnosť združenia inštitucionalizovala, vzniklo Laické apoštolské hnutie mládeže, 8. decembra toho istého roku rada hnutia schválila zmenu názvu na Hnutie kresťanských spoločenstiev mládeže.

Dnešnú podobu dostal názov združenia 16. januára 1999, kedy Celoslovenská rada schválila zmenu stanov a názvu hnutia na Združenie kresťanských spoločenstiev mládeže. Pod týmto názvom funguje združenie dodnes.